【原创】手把手教你使用Imagepro |
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自从写了imagepro plus教学系列帖子“手把手教你使用IPP”以来，得到了不少好评。前两天这个帖子又被人翻了出来，发现它的点击已经升到了一万二。可见这个帖子还是有许多人看的。甚至把Media Cybnetics公司的工程师给招来了。他们才是真正的IPP高手，给了我很多指导，也教了我许多妙招。 无论是经常使用IPP还是第一次使用，如果需要分析测量一大批图片的话，都免不了要花费大量时间。为了省时省力，最好是制作一个宏操作来完成那些枯燥的一下下点鼠标动作。可是自己制作宏也是挺麻烦的。如果能找到一个现成的宏来处理图片就能省事了。在IPP公司的网站上就有大量这样的通用的宏程序，macro。Media Cybnetics公司的软件工程师注意到了很多人都在使用IPP测量免疫组化图片的光密度，也注意到了论坛上大家讨论的分析免疫组化图片的方法，于是他们给大家编制了一个macro，专门用来方便地进行免疫组化图片的分析，这可是专业水平的macro，真管用呀。我近水楼台得到了一个试用版本，使用这个macro分析上百张免疫组化图片，不到一个小时就能全部搞定。好东西要大家分享，再写一篇“手把手教你使用IPP"。先把这个试用版本传给大家，正式版本则需到Media Cybnetics网站上下载。>(待续) Pathology.scr (27.26k) 当然，如果你对IPP一点也不了解，是使用不了这个macro的。希望你看过了以前的手把手教你使用IPP的系列帖子。 > 特别是看过了第十一个关于免疫组化图片光密度测量的帖子（包括后面的跟帖）http://www.....cn/bbs/post/view?bid=10&id=5923479&sty=1 。这个macro基本上就是根据这个分析方法来分析测量免疫组化图片的。下载了这个macro后，首先用记事本打开这个文件，在第三十几行上找到这句话：Shell("c:\program files\microsoft office\office10\excel.exe")然后到你自己的电脑上按照 这个路径看看。如果你安装的是officeXP,则能找到这个excel.exe文件。不同版本的office，其excel.exe文件的位置是不一样的。你需要在自己的电脑上找到excel.exe文件所在的路径，然后在记事本里修改这句命令，使它能正确地指到excel.exe文件。一般office2000的系统要把这句话改为Shell("c:\program files\microsoft office\office\excel.exe")office2003的系统要把这句话改为Shell("c:\program files\microsoft office\office11\excel.exe")改完后直接在记事本里点保存。把保存好的文件另存到C盘IPP文件夹下面的scripts目录里。启动IPP程序，点macro菜单下的macro命令。在macro窗口里点chang按纽。在弹出的打开文件窗口中选择pathology。再点OK关闭所有窗口。这个macro就安装好了。 screen.width-333)this.width=screen.width-333" width=640 height=369 title="Click to view full 未命名1.JPG (867 X 501)" border=0 align=absmiddle>再次点macro菜单，就可以看到在菜单的最底下增加了两行命令：pathology和filloutside。点击pathology来运行这个宏。测量免疫组化图片光密度，实际上测量的就是一个平均光密度mean density。这就需要先测量一下有效测量区域的面积，再测量这个面积范围内目标染色区域的累积光密度值IOD。两者相除得到mean density。作为一个特例，如果测量区域就是整张图片，可以直接测量IOD值。不必考虑面积区域。以下图为例。图片中黄色染色区域主要集中于蓝色框住的区域内。测量平均光密度就要根据图片情况有三种选择：1.测量整张图片黄色的IOD，除以整张图片面积。2.测量整张图片黄色的IOD，除以红线框住区域的面积。（这是扣除空白区域）3.测量蓝线所框区域的黄色IOD，除以蓝线框住区域的面积。（这是计算特定组织区域的染色平均光密度）在许多情况下，都需要选择测量区域，作为特例，在测量区域充满整个画面时不需要考虑测量区域。需要指出的是，使用IPP的count/size测量IOD及area时，测量出的面积area是选定的黄色染色区域的面积。用IOD除以这个面积一般来说是不准确的。它的意思是“黄色染色区域的平均光密度”。所以使用这个宏进行测量时就有两件事要干：1.画出测量区域2.选择特定染色物的颜色。 （缩略图，点击图片链接看原图） 从手把手教你使用IPP第十一帖中可以知道，在测量时需要校正光密度、设置count/size以及segmentation。这里也需要作这些事情的。可以在IPP里事先把这些设置好，并把设置文件保存到指定的文件夹中（别乱放，建议与待测量的图片保存在一起）。也可以在运行macro过程中调试。当然调试时别忘了把设置文件保存好。点macro菜单下的pathology。调出macro界面。再打开一张典型的待测量图片，应用single measure调试测量参数。方法是：1.在image setting中选择measure active image2.在measurement envirement setting中点OD calibration按纽，在弹出的光密度较正窗口中作好光密度较正，保留此窗口在桌面上不要关闭。然后点另一个弹出对话框中的continue按纽返回。3.选中manually select color range与user define area。点single measure开始测量。 （缩略图，点击图片链接看原图）如果选择了manually select color range，测量时会弹出segmentation窗口，此时可以调试HSI，然后保存这个颜色设置到指定的文件夹中，同时还要保存count/size的设置文件到同一个文件中。如果事先已经有保存的设置文件，可以把它调出来。完成后必须点一下count/size窗口的count按纽，测个数看看(必须点，否则后面的计算可能会出错)。在保存了count与segmentation的设置文件后，点setting folder按纽，到保存设置文件的文件夹里随便找个文件点一下，再点OK返回，就可以看到指定文件夹的路径已经显示在界面上了，而且文件夹里设置文件的文件名也会出现在下拉框里。这些调试也可以另外单独进行，只要保存好设置文件就可以，但是必须要在macro运行之前或者运行中测量一次IOD，看看效果。 （缩略图，点击图片链接看原图） 如果选择了user define area，就还会弹出一个area select的对话框，此功能是方便选择测量区域的。要使用手动选择AOI工具把图象上需要测量的区域一个个的圈出来。有两种选择方式，怎么方便怎么用。如果图片上大部分是需要测量的区域，只有一小块区域需要扣掉，就选择下面一项：填充AOI内部为白色，测量AOI外面区域。此时只要用irregular AOI工具把需要扣除的小块区域给圈上就行了，程序在测量时会扣掉这一小块区域。有多个小区域要扣掉时则把这几个区域都圈出来。 如果图片上需要测量的区域更容易圈出，就选择上面一项：fill outside of AOI and measure area inside of AOI. 如果测量区域就是整张图片，就啥也不要选。 下图是扣除小块区域的例子。 （缩略图，点击图片链接看原图） 选择完测量区域后程序就会测量出这个区域的面积与IOD，并且把测量数据送入excel。可以到excel中看测量结果了：Optical desity measurements report Macro started at Date/Time: 06-10-31 / 9:04:25Image Name / Folder IOD(SUM) AREA(SUM) Mean DensityA-24-2.tif/Active 5785.524 290570 0.019911 在excel中的数据，第一列为图片文件名，第二列为IOD测量值，第三列是选择区域的面积（单位为象素）。第四列就是IOD/area。 此时一定要检查一下测量值是不是正确。常见的错误是：光密度较正没有应用上，导致IOD测量值特别大。选色文件没有调用上，测量出的IOD值几乎等于0甚至就等于0。测量单幅图片是一定要先作一次的，主要是检查一下整个测量过程是否正确，各个测量设置文件是否正常应用了。当然如果需要测量的图片很少，就这样一幅幅测下去也是可以的。在analysis and report框中还有两个选项，一个是在测量时创建一幅带有标记的图片，需要的话就可以选上。另一个是调试程序时需要看看中间过渡图片的，一般不必选它。 调试好各项设置文件之后，下面就可以对所有图片进行批量处理了。不过有一件事是没法自动处理的，就是每张图片的测量区域都不一样。还是需要一张张地画。可以这样作，在photoshop中或者在IPP里先把所有图片中测量区域以外的地方都填上白色。然后再回到这个macro里进行批量测量。在批量测量时，程序会自动把测量区域定为非白色的区域。如果测量区域就是整张图片，就不必进行测量区域的选择。在image setting框中选择 measure all images in forlder。再点旁边的image folder按纽，到保存图片的文件夹中随便找个文件点一下。返回。再到下面的analysis and report框中，可以看到single measure点不动了，而另一个batch measure却变黑了，点这个按纽，程序就开始一幅幅地测量指定文件夹中的所有图片文件了。上百张图片一会就能测完。真省事呀。批量测量图片时如果把segmentation与count的设置文件中所有的预览选项都设为none。那么测量的速度就会飞飞地快。我试过测量了300张图片，点了一支烟还没抽完，它就结束了。测量的数据都保存在excel表格中。 这个macro是试用版，适用于IPP4.0到IPP5.1的各版本，不能用于IPP6。也许里面会有一些bug。如果你也试用了，请回帖说说效果。特别是使用不成功的情况，一定要提出来。能让工程师进行修改。正式版本，包括适用于IPP6的版本很快就能在IPP的网站上下载了。学习中，谢谢hbchendl！ 安装出现问题，我的是OFFICE2003，IPP5。1，在D盘，按照上面的装后，运行出现了下面的显示： screen.width-333)this.width=screen.width-333" width=591 height=288 title="Click to view full Image00000.gif (591 X 288)" border=0 align=absmiddle>就是excel.exe文件的位置需要调整。一个方法是用记事本打开pathology.scr文件，把第三十四行的命令：Shell("c:\program files\microsoft office\office10\excel.exe")中的office10改为office11。另一个方法是复制一个excel.exe的快捷方式，并改名为excel.exe。到C盘上依次进入program files -- microsoft office -- office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文件名的文件夹，最后粘贴入excel.exe。用这个macro来处理免疫组化图片，即使是一张张处理图片，也是很方便的。 hbchendl wrote:就是excel.exe文件的位置需要调整。一个方法是用记事本打开pathology.scr文件，把第三十四行的命令：Shell("c:\program files\microsoft office\office10\excel.exe")中的office10改为office11。另一个方法是复制一个excel.exe的快捷方式，并改名为excel.exe。到C盘上依次进入program files -- microsoft office -- office10。如果没有这个文件夹就新建一个这个文件名的文件夹，最后粘贴入excel.exe。用这个macro来处理免疫组化图片，即使是一张张处理图片，也是很方便的。 谢谢！回家后再试试．按照上述方法没有搞定。不过自己琢磨了一下搞定。因为我的OFFICE2003也是在D盘安装，所以把第三十四行的命令：Shell("c:\program files\microsoft office\office10\excel.exe")改成：把第三十四行的命令：Shell("D:\program files\microsoft office\office11\excel.exe")就搞定了。我用的是IPP6.0PJ，WORD2003,按照上面操作后出现下面情况，请问是怎么回事，谢谢! （缩略图，点击图片链接看原图）我提供的macro只适用于IPP4.与IPP5。IPP6请到medicy网站上下载正式版本。陈老师又友新作了，支持！您的讲解很精彩能把邮箱告诉我吗！不情之请！[email protected]共享文件夹里有最新的pathology宏,可以用于v6.0谢谢各位,一定好好学习.走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本，大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说一声。[email protected] (31.86k) hbchendl老师，这个5.1版本的macro使用后，我感觉就是数据输出时一目了然，每个图片只有一行，速度稍微快一些，也没有发现其它的优点。还有一些问题提出：1.输出到EXCEL的AREA(SUM)没有多少意义，因为在测量整张图片时该数据是已知的（图片长宽像素的乘积），倒不如给出阳性区域的AREA(SUM)。2.在该macro的运行中，IOD(SUM)的测定是把图片转换为灰度8位进行计算的，与我重新制作的macro（相同的文件设置、背景校正），将图片也转换为灰度8位，得到的结果有少量偏差（有2％左右）。不知该macro转换为灰度图片是如何处理的，从Keep Grayscales image选项中看到的图片没有将非阳性区域转化为白色，也就是没有将背景进行校正。如果只测量一几张图片，当然是用不着宏操作的。使用宏操作的优势是测量几十张、上百张图片时能大大节省时间与精力。在测量免疫组化图片时，结果一般是一个“平均光密度”， 这个平均值是IOD除以特定面积计算出来的。在不同情况下，“特定面积”有不同的算法，只有很少的情况下这个面积就是整张照片的面积。有时候，阳性区域的面积也是有意义的。但那毕竟是较少的情况。想把它列出来倒也不难。 这个宏操作的过程是先将阳性区域记录到一个蒙板上，然后再测量灰度图片上蒙板区域的IOD。与第十一帖上的方法略有不同。背景较正则是在intensity cal窗口中事先设定。至于两种方法的偏差来自何方，还得拿照片测一下才能判断。这样作的因素是IPP的工程师考虑得更专业，它可以分析十二位灰度的照片。照我第十一帖上的那个作法，十二位灰度的照片给降成八位灰度照片了。 谢谢hbchendl老师的回复。顺便问几个问题：1.我们实验室配置的Zeiss imagerA1显微镜（我头像中的图片）和Nikon DXM1200F数码CCD，接口是1.0×的。与我们原先的国产采集系统（C接口为0.5×）比较，该系统采集的图片只是目镜视野中心的很小的部分，20×物镜下的采集视野几乎相当于国产采集设备40×的采集面积。开始不太习惯，现在发现有一个很大的好处，就是在20×下采集图片定位更加容易。而且由于该显微镜物镜镜头非常优秀，图片效果也很好。这种情况应该对图像分析没有影响吧？2.使用Nikon DXM1200F数码CCD附带软件中的auto white balance，实际上就是国产软件的背景校正，没有使用自动曝光。这种情况批量采集的图片也可以进行光密度的分析吗？1. CCD接口一般都使用0.5X的，但我认为1.0X的接口更好。参见下面的讨论：>就你这台显微镜的情况，还是应该使用40X物镜，这里有一个分辨率的区别。分析图象时只能对同一个镜头下的照片进行分析对比。2.分析光密度时拍摄照片就是不能使用auto white balance.会引入负面的误差。要注意，可以使用甚至应该使用白平衡校正，但是不能使用“自动”白平衡校正。如果实在不知该怎么操作，就干脆把白平衡较正关闭好了。拍摄照片对于光密度分析非常关键，不能乱来的。进行一些微调，在IPP6下也可以用了。Pathology.scr (27.28k) hbchendl wrote:走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本，大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说一声。附件中的文件，也要对execl路径进行修改。hbchendl老师您好： 谢谢您的好贴让我受益匪浅，我用的是Version 4.0 for windows 95/NT/98版本的MicroImage，下载安装软件后出现这个错误，是不是版本不对不能用啊？我该怎么办？谢谢！出错.doc (45.0k) 不是同一个软件，不能用。hbchendl老师我是yuly1，谢谢您的回复，我按照您的帖子操作还是可以的，我们这个软件是好几年以前买的，IPP软件下载的网站您能提供吗？4.0，5.0，6.0都可以，不胜感激，我的邮箱[email protected]. 谢谢hbchendl老师，一直拜读您的系列贴，获益非浅，同楼上，您能提供个下载网址吗，试用版的也可以，谢谢您了！thank you very much陈老师好,我刚接触到IPP软件,要分析一批免疫组化的片子,请问一张片子要分析几个视野比较合适?有没有已发表的外文文献?多谢了!!我的信箱[email protected]hbchendl wrote:走后门弄来一个可以用在IPP6.0的版本，大家回去试一下吧。希望无论好不好用都回来说一声。请问这个macro测量时 怎么所有的照片的area（sum）都一样呢？是整张照片的面积，而不是阳性面积。烦请老师解决一下啊 能不能在这个宏里加上这一项？ 在测量时，先选择“user define area”这个选项，再点击single measure，会立即弹出“area select”，对话框。此时别着急点OK。先使用irregular工具在图上画出测量区域的边界，点右键使边界线变成绿色。再回头点area select对话框里的OK。就能继续下去了。为了能批量自动处理这类图片。可是先把图片中不需测量的区域填上纯白色。就能自动扣除这些白色区域的面积。 |
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